Видную роль в создании предпосылок к Кишиневскому погрому сыграла единственная на тот момент ежедневная кишиневская газета «Бессарабец», возглавляемая антисемитом Павлом Крушеваном. Газета демонизировала евреев, возводила на них кровавый навет, обвиняя евреев в ритуальном убийстве христианского подростка Михаила Рыбаченко. В воскресенье днем 19 апреля 1903 года в городе стали собираться толпы, занявшие площадь.

В Кишиневе кем-то был распущен слух, что царь Николай II лично издал секретный указ, разрешающий грабить и избивать евреев в течение трех дней после Пасхи. За неделю до Пасхи в общественных местах города появились антисемитские листовки, которые призывали христиан к действиям против евреев во имя царя.

Бездействие полиции и властей погромщики восприняли как разрешение на расправу с евреями. К 2-3 часам дня погром охватил большую часть города. Полиция не пыталась остановить толпу. Лишь в 15:30 губернатор Раабен передал командование начальнику гарнизона генералу Бекману с правом применить оружие. Солдатам были розданы патроны, войска произвели массовые аресты.

В воскресенье днем 19 апреля 1903 года в городе стали собираться толпы, занявшие площадь. Собравшиеся стали метать в прилегающие еврейские дома камни, началось разорение лавок и магазинов, но к вечеру погром пошел на убыль. Полиция арестовала 60 человек.

Хотя на улицы были выведены воинские патрули из гарнизона, но никаких приказов солдаты не получили. Таким образом, кишиневский губернатор фон Раабен и прочие высшие должностные лица своим бездействием фактически поощрили продолжение погрома. Почувствовавшие безнаказанность погромщики, на следующий день 20 апреля устроили кровавый погром, сопровождаемый грабежами, поджогами и убийствами.

Накануне погрома в Кишиневе еврейская молодежь создала группы еврейской самообороны, общее руководство которыми осуществлял Я‘аков Бернштейн-Коган, было собрано оружие, организован штаб обороны и даже проложены телефонные линии связи между отрядами. Но местные власти, принявшие активное участие в организации нападений на евреев, учли опыт Екатеринослава и Дубоссар: уже в первые часы погрома полиция окружила места, где собирались бойцы самообороны, их разоружили и арестовали.

Тем не менее, вечером того же дня стихийно собравшаяся группа евреев пыталась, вооружившись палками, разогнать погромщиков. Войска пресекли эту попытку, после чего кровавый погром продолжался без каких-либо препятствий.

Эти слова прокурора Полана являются официальным свидетельством того, что кишиневские евреи пытались обороняться, хотя им противостояла большая и хорошо организованная масса громил, поддержанная и натасканная подручными царя и жандармов. Естественно, оборона не могла быть действенной.

Некоторые евреи пытались отстреливаться от громил, как например Ицко Клейман, но это не могло остановить погромщиков. Существенное влияние на современников, особенно на молодежь, оказала посвященная Кишиневскому погрому поэма Хаима Бялика «Бе-‘ир ха-харега», в которой он не только гневно обличал погромщиков, но и сурово осуждал тех евреев, которые не смогли или не захотели дать им отпор.

Власти арестовали свыше 800 погромщиков, около 300 из них были преданы суду, проходившему в закрытом режиме. Некоторых приговорили к различным срокам каторжных работ, тюремному заключению. Часть погромщиков была оправдана. Был уволен со своего поста губернатор края фон Раабен.

Погиб 51 человек, из них 49 евреев, мальчиков и мужчин 38, девочек и женщин 11. По официальным данным, раненых было 456 человек, однако, по данным главного врача Кишиневской еврейской больницы Слуцкого, только в его больницу поступило 495 раненых. За три дня было разрушено около 700 жилых домов и 600 магазинов и лавок.

После Кишиневского погрома была осуществлена попытка мести главному организатору Крушевану, на которого совершил покушение Пинхас Израилевич Дашевский, который нанес Крушевану 4 июня 1903 года ножевое ранение, не приведшее, однако к смерти.