Управление генерал-гидрографа было создано 13 октября 1827 года, положив начало гидрографической службе российского военного флота. Первым генерал-гидрографом стал вице-адмирал Гавриил Андреевич Сарычев.

Задолго до создания в 1696 году в России регулярного военного флота русские люди славились как отважные мореходы и совершили крупные географические открытия, которые стали достоянием мировой науки.

Однако лишь в царствование императора Петра I - основателя Российского флота - пришло осознание государственной значимости подробных исследований и описаний морей, рек и озер. С начала 18 века начались систематические гидрографические работы на Балтийском и Каспийском морях, стали издаваться морские карты, без которых ни флот, ни другие государственные институты не могли успешно решать свои задачи.

В 1837 году Управление было преобразовано в Гидрографический департамент. В 1885 году на основе его было создано Главное гидрографическое управление при Морском министерстве. Ныне в нашей стране ответственность за поддержание навигационной безопасности общего мореплавания возложена на Главное управление навигации и океанографии Министерства обороны России.

В оборонной области оно следит за поддержанием на должном уровне систем навигационно-гидрографического и гидрометеорологического обеспечения ВМФ. Это учреждение традиционно находится в Санкт-Петербурге.