Первый Съезд народных депутатов открылся 25 мая 1989 года. В первый же день работы Съезда он избрал Михаила Горбачева Председателем Верховного Совета СССР. Заседания съезда транслировались по телевидению в прямом эфире, и множество граждан СССР внимательно следили за ними.

Очередное заседание съезда было отменено 5 июня в связи с тем, что этот день был объявлен днем траура по жертвам железнодорожной катастрофы на трассе Челябинск-Уфа, произошедшей в ночь на 4 июня 1989 года. Горбачев выразил глубокое соболезнование депутатам, выступив с краткой речью.

Впервые телезрители смогли увидеть выступления академика Андрея Сахарова, в которых он выступал с критикой политической системы СССР: «По действующей Конституции, председатель Верховного Совета СССР обладает абсолютно, фактически ничем не ограниченной личной властью. Сосредоточение такой власти в руках одного человека крайне опасно».

Съезд был отмечен противостоянием, выразившемся в активной полемике действующего Генерального Секретаря ЦК КПСС Михаила Горбачева с академиком-диссидентом Андреем Сахаровым, члена ЦК КПСС Егора Лигачева с опальным в то время, будущим первым президентом России Борисом Ельциным.

Среди депутатов было немало ярких личностей, ставших, благодаря съезду известными на всю страну, некоторые из них из преподавателей, служащих и научных сотрудников переквалифицировались в публичные политики, в последующие годы были избраны на руководящие посты страны, возглавили оппозиционные движения.

Среди них - Гавриил Попов - позднее стал мэром Москвы, Сажи Умалатова - стала впоследствии политиком-радикальным коммунистом, Анатолий Собчак - избран мэром Санкт-Петербурга, Юрий Афанасьев - возглавил движение «Демократическая Россия», затем - ректор РГГУ, Алексей Казанник - стал Генеральным Прокурором России. На съезде впервые был выдвинут альтернативный кандидат на пост Председателя Верховного Совета СССР. Помимо Михаила Горбачева на этот пост баллотировался депутат, член МДГ Александр Оболенский.

Борис Ельцин не был избран съездом 26 мая членом Верховного Совета СССР, однако 29 мая депутат Алексей Казанник уступил ему свое место в Совете Национальностей Верховного Совета. В последний день Съезда в относительном меньшинстве, радикально настроенные депутаты сформировали Межрегиональную группу народных депутатов. Они выступали за политические и экономические преобразования в СССР, за радикальное реформирование советского общества.