Перед рассветом 20 сентября 1918 года, в песках Закаспийской степи под Красноводском без суда и следствия были расстреляны 26 революционеров, известных как бакинские комиссары. Это были в основном руководители Бакинского совнаркома, которых казнили по решению местных властей за сдачу Баку турецко-азербайджанским войскам.

В Баку 4 августа прибыл отряд английских войск во главе с полковником Стоксом, а 15 августа по распоряжению контрреволюционного правительства около тридцати народных комиссаров и работников аппарата Совнаркома были арестованы «за попытку бегства без сдачи отчета о расходовании народных денег, вывоз военного имущества и измену».

В тот же день был разоружен отряд Петрова. Разоруженных красноармейцев отправили в Астрахань, а самого Петрова присоединили к арестованным. Местная Чрезвычайная комиссия произвела следствие и 11 сентября опубликовала постановление о предании арестованных военно-полевому суду.

В связи со сложившейся ситуацией 16 августа руководящие деятели Бакинской коммуны вместе с отрядом Петрова погрузились на пароходы и направились в Астрахань. Однако военные суда Диктатуры Центрокаспия догнали их и принудили вернуться в Баку, где 17 августа 35 человек арестовали и заключили в Баиловскую тюрьму.

Чрезвычайная следственная комиссия 7 сентября приняла заключительное постановление о привлечении Шаумяна, Корганова, Коганова, Джапаридзе, Костандяна, Осепянца, Ионесянца, Амирова, Полухина, Тер-Саакянца, Нуриджаняна и Петрова к ответственности за то, что они бросили бакинский пролетариат в «минуты смертельной опасности», призывали население к «ниспровержению существующей власти». Дело об арестованных большевиках 11 сентября было передано военно-следственной комиссии для предания их военному суду.

Однако военные неудачи преследовали и Диктатуру Центрокаспия - 13 сентября английские войска оставили Баку. На другой день за ними последовало правительство Диктатуры Центрокаспия. Ночью 14 сентября, когда турецко-немецкие войска вплотную подошли к Баку, комиссары были выпущены из тюрьмы. На рассвете 15 сентября они успели погрузиться на последнее судно, эвакуирующее беженцев и представителей прежней власти в Астрахань - пароход «Туркмен». Пароход по дороге в Астрахань был вынужден зайти в Красноводск для пополнения запасов топлива.

По приказу командира английского отряда в Красноводске полковника Баттина бакинские большевики вновь были брошены в тюрьму. При обыске у Корганова, являвшегося старостой в бакинской тюрьме, был отобран список товарищей, среди которых он распределял продукты. В этом списке значилось 25 из 36 имен. Власти Красноводска приняли этот список за руководящих деятелей Бакинской коммуны, хотя в действительности не все из них являлись таковыми.

В списке отсутствовали имена А. Микояна, старых большевиков В. Джапаридзе, О. Фиолетовой и М. Туманян, которые не сидели в бакинской тюрьме, видных военных деятелей Бакинской коммуны С. Канделаки и Э. Гигояна, лежавших в бакинской тюремной больнице, а также Сурена и Левона Шаумянов, которых освободили на поруки за 2-3 недели до эвакуации из Баку. К списку, содержавшему 25 имен, прибавили командира партизанского отряда дашнака Татевоса Амирова, в результате чего получилась цифра 26.

Комиссарам Бакинского совнаркома было предъявлено обвинение в сдаче Баку азербайджанским войскам, и они были приговорены к смертной казни. По версии советской историографии, решение о расстреле комиссаров было принято английской военной миссией и эсеровским правительством. На самом деле англичан в то время в Красноводске еще не было.

Все подлинные обстоятельства гибели бакинских комиссаров стали известны еще в 1922 году, когда были опубликованы результаты работы специальной комиссии ВЦИК РСФСР под руководством В. А. Чайкина. В ночь на 20 сентября двадцать шесть человек посадили на экстренный поезд, направившийся в сторону Ашхабада. Поезд, который вели машинист З.Е. Щеголютин и его помощник А. Курашев, остановился на 207-й версте между телеграфными столбами №118 и №119, где комиссаров расстреляли.

Список расстрелянных бакинских комиссаров

1. Авакян Багдасар Айрапетович - комендант города Баку (по другим данным Авекян).
2. Азизбеков Мешади Азим-бек-оглы - бакинский губернский комиссар.
3. Амирян Татевос Минасович - член партии «Дашнакцутюн», командир кавалерийского отряда.
4. Амирян Арсен Минасович - редактор газеты «Бакинский рабочий».
5. Басин Меер Велькович - член Военно-революционного комитета Кавказской армии.
6. Берг Эйжен Августович - матрос, начальник связи советских войск в Баку.
7. Богданов Анатолий Абрамович - служащий.
8. Богданов Соломон Абрамович - член Военно-революционного комитета.
9. Борьян Арменак Артёмович - журналист.
10. Везиров Мир-Гасан Кязим оглы - народный комиссар земледелия.
11. Габышев Иван Яковлевич - комиссар бригады.
12. Джапаридзе Прокофий Апрасионович - председатель Бакинского Совета рабочих, крестьянских, солдатских и матросских депутатов.
13. Зевин Яков Давидович - народный комиссар труда.
14. Коганов Марк Романович - член Военно-революционного комитета.
15. Корганов Григорий Николаевич - народный комиссар по военно-морским делам.
16. Костандян Арам Мартиросович - заместитель народного комиссара продовольствия.
17. Малыгин Иван Васильевич - заместитель председателя Военно-революционного комитета Кавказской армии, член коллегии Народного комиссариата по военно-морским делам.
18. Метакса Ираклий Панаитович - личный охранник Шаумяна.
19. Мишне Исай Абрамович - делопроизводитель Военно-революционного комитета.
20. Николайшвили Иван Михайлович - личный охранник Джапаридзе.
21. Осепян Сурен Григорьевич - редактор газеты «Известия Бакинского Совета».
22. Петров Григорий Константинович - военный комиссар Бакинского района, командир красногвардейского отряда.
23. Полухин Владимир Фёдорович - член коллегии комиссариата по военно-морским делам РСФСР.
24. Солнцев Фёдор Фёдорович - военный работник, комиссар военно-инструкторской школы.
25. Фиолетов Иван Тимофеевич - председатель Совета народного хозяйства.
26. Шаумян Степан Георгиевич - чрезвычайный комиссар Кавказа, председатель Бакинского Совета народных комиссаров.