«Потаенное судно» Никонова - первая в мире изначально военная подводная лодка. Чертежей и подробного описания судна не сохранилось. Приблизительная длина судна была не более 6 метров, высота 1,5-2 метра. В корпус были вделаны 10 оловянных пластин со сквозными отверстиями для приема воды при погружении. В процессе всплытия вода откачивалась за борт вручную с помощью поршневого насоса. В корпусе была сделана шлюзовая камера с люком для выхода водолаза из лодки, находящейся в подводном положении, движитель в виде весел. Параллельно постройке лодки, Никоновым был разработан один из первых водолазных костюмов для выхода человека из судна в подводном положении для разрушения днища неприятельского корабля, прообраз современного боевого пловца-диверсанта. Памятник первой подводной лодке установлен в городке Сестрорецк, в 11 километрах от Санкт-Петербурга.
29 января 1728 года в Адмиралтейств-коллегии было принято решение о прекращении работ над «потаенным судном». Никонов был разжалован из мастеров в рядовые «адмиралтейские работники» и сослан в Астраханское адмиралтейство, где в это время строились корабли для Каспийской флотилии, с прочими отправляющимися туда морскими и адмиралтейскими служителями под караулом. «Потаенное судно» было заперто в амбар, где и закончило свой век.
7 сентября 1725 года Российская императрица Екатерина I приказала продолжить работы над «потаенным судном». Очередные испытания судна были проведены весной 1727 года, однако результаты испытаний опять не удовлетворили членов Адмиралтейств-коллегии.
К осени 1724 года первая российская подводная лодка была готова. На площадке испытаний, кроме царя Петра I, присутствовали ответственные чиновники адмиралтейства и адмиралы. Ефим Никонов отвесил всем поклон, перекрестился и спустился в люк своего «потаенного судна». Началось погружение лодки. Неожиданно для всех, в том числе и для Никонова, лодка быстро провалилась на глубину и от удара о грунт дала течь, став наполняться водой. Никонову и четверым гребцам удалось спастись. Последующие попытки также не дали положительных результатов.
3 марта 1720 года В Санкт-Петербурге была заложена первая российская подводная лодка, «потаенное судно» Ефимом Никоновым. Император Петр I часто заходил на участок строительства, интересовался ходом работ, подсказывал, как и что лучше сделать, подбадривал мастеров. В конце января 1721 года строительство судна-модели было в основном закончено, а в марте Никонов лично доложил об этом Государю, но испытания задержались и прошли гораздо поздней.
11 февраля 1720 года Адмиралтейств‑коллегия приняла решение о создании «потаенного судна» Ефима Никонова. Ранее, плотник Ефим Никонов подал царю Петру I челобитную. Петр I пригласил Никонова в Санкт-Петербург и поручил начать постройку судна. Опытная, уменьшенная модель была готова уже через год. «Потаенное судно» было собрано из досок, медных листов и кожи и было очень похоже на бочку с веслами. Испытания прошли в присутствии императора. Петр I остался доволен и повелел построить полноразмерное судно.
В 1719 году безграмотный 29-летний крестьянин из подмосковного села Покровское-Рубцово Ефим Прокопьевич Никонов подал «написанную за малую мзду» челобитную на имя Императора Петра I. В ней сообщал, что «сделает он к военному случаю на неприятелей угодное судно, которым на море в тихое время будет из снаряду забивать корабли, хоты бы десять или двадцать и для пробы тому судну учинит образец, сколько на нем будет пушек, под потерянием своего живота, ежели будет неугодно». В том же письме было сказано, что это судно «будет ходить в воде потаенно».