В Москве Земский собор, после тщетных попыток назначить Правящей Царицей Ирину, вдову умершего царя Федора Иоанновича, 27 февраля 1598 года, учитывая в том числе и рекомендацию самой Ирины, избрал Царем Русским ее брата, шурина Федора Иоанновича, Бориса Годунова, и принес ему присягу на верность. Прекратилась Московская ветвь Царей династии Рюриковичей.

Путь к трону для Годунова был нелегким. В удельном городе Угличе подрастал наследник престола Дмитрий, сын седьмой жены Ивана Грозного. Но в мае 1591 года царевич при невыясненных обстоятельствах погиб. Летопись обвиняет в убийстве Бориса Годунова, ведь Дмитрий был прямым наследником престола и мешал Борису в продвижении к нему.

Зимой 1598 года Федор Иоаннович умер, и мужская линия Московской ветви династии Рюриковичей пресеклась. В 1598 году 27 февраля Земский собор избрал царем Бориса Годунова, шурина Федора Иоанновича, и принес ему присягу на верность, а в сентябре Борис венчался на царство. Царствование Бориса ознаменовалось начавшимся сближением России с Западом. Не было прежде на Руси государя, который столь благоволил бы к иностранцам, как Годунов. Он стал приглашать иноземцев на службу.

Царствование Бориса начиналось успешно. Однако вскоре начались беды. Непогода привела к неурожаю, в стране начался голод, продолжавшийся три года. Цена хлеба увеличилась в 100 раз. Стремясь помочь голодающим, Борис не жалел средств, широко раздавая беднякам деньги. Но хлеб дорожал, а деньги теряли цену.

Борис приказал открыть для голодающих царские амбары. Однако их запасов не хватало на всех голодных. Появились случаи людоедства. Люди начинали думать, что это - кара Божья. Возникало убеждение, что царствование Бориса не благословляется Богом, потому что оно беззаконно, достигнуто неправдой и не может кончиться добром.

Повстанческое движение охватило около 20 уездов центральной России и юга страны. Восставшие объединялись в крупные отряды, которые продвигались к Москве. Против них Борис Годунов направил войско. В сентябре 1603 года в ожесточенном сражении под Москвой повстанцы были разбиты.

По стране стали ходить слухи, что царевич Дмитрий жив. В начале 1604 года было перехвачено письмо одного иноземца из Нарвы, в котором объявлялось, что у казаков находится чудом спасшийся Дмитрий, и Московскую землю скоро постигнут большие несчастья. Осенью 1604 года Лжедмитрий I с горсткой поляков и казаков двинулся на Москву. Даже проклятия московского патриарха не остудили народного воодушевления. В январе 1605 года правительственные войска разбили самозванца.

Ситуация для Годунова также осложнялась из-за состояния его здоровья. Уже с 1599 года появляются упоминания о его болезнях. А в апреле 1605 года он скоропостижно скончался. Ходили слухи, что Годунов в припадке отчаяния отравился. Версия о естественной смерти более вероятна. Похоронили его в Архангельском соборе Кремля.