Новороссийская военно-морская база, войсковая часть 99608 является оперативно-тактическим территориальным объединением в составе Черноморского флота РФ, форпост морских ворот юга России, одна из ведущих группировок. Основные задачи - содействие силам Южного военного округа на приморском направлении, охрана государственной границы России во взаимодействии с силами погранвойск, обеспечение развертывания сил флота, а также обеспечение воинских морских перевозок. Зона ответственности Новороссийской ВМБ простирается от границ с Грузией на Черном море до границ с Украиной на Азовском море. Ежегодно корабли выполняют задачи на учениях под руководством командования ЧФ. Командование и личный состав НВМБ обеспечивают на южном направлении страны внешнеполитические связи России с зарубежными государствами. В Новороссийске осуществляют частые заходы иностранные военные корабли.

Командование Новороссийской военно-морской базы

20 декабря 2019 года в Новороссийской военно-морской базе Черноморского флота прошла церемония подъема Андреевского флага на новом спасательном буксирном судне «СБ-742» проекта 22870. В торжественной церемонии приняли участие представители командования флота и ВМБ, завода-изготовителя, администрации города Новороссийска, ветераны и духовенство, которые поздравили экипаж «СБ-742» с началом выполнения задач в составе Черноморского флота.

В 1997 году Черноморский флот приобрел статус Российского. Директивой начальника Генштаба Вооружённых Сил Новороссийский военно-морской район был преобразован в Новороссийскую военно-морскую базу Черноморского флота. Примечательно, что воссоздание Новороссийской военно-морской базы произошло ровно через 50 лет после ее последнего расформирования.

В ноябре 1994 года Главнокомандующий ВМФ РФ утвердил состав сил Новороссийского военно-морского района, а в марте 1995 года был утвержден штат управления НВМР. Первым командиром НВМР стал контр-адмирал Евгений Васильевич Орлов, впоследствии вице-адмирал, заместитель командующего Черноморским флотом.

8 сентября 1994 года подписано постановление Правительства Российской Федерации «О формировании Новороссийского военно-морского района (НВМР) и создании системы базирования сил Военно-Морского Флота на территории Краснодарского края».

В 1947 году Новороссийская ВМБ была расформирована. Новороссийск на длительное время стал военно-морским районом тылового базирования Черноморского флота.

С сентября 1943 года, когда Новороссийск был освобожден от немецко-фашистских захватчиков, началась многолетняя борьба с минной опасностью.

В сентябре 1942 года в результате ожесточенных боев советские войска оставили большую часть Новороссийска. Штаб базы и ее основные силы были передислоцированы в город Геленджик. Оттуда были осуществлены высадки морских десантов на Малую землю и в Южную Озерейку при освобождении города.

В декабре 1941 года корабли и части Новороссийской ВМБ принимали самое активное участие в Керченско-Феодосийской десантной операции. Они обеспечивали морские перевозки и эвакуацию войск из осажденного Севастополя и с Керченского полуострова.

29 января 1941 года Приказом Командующего ЧФ была определена штатная структура с управлением и штабом Новороссийской базы. С началом Великой Отечественной войны корабли и подразделения  базы вступили в бой, став опорным пунктом поддержки осажденных гарнизонов Одессы и Севастополя.

С 1925 по 1940 года Новороссийская военно-морская база существовала номинально. Она является самым молодым объединением ВМФ России на кавказском побережье Чёрного моря.