Государственный служащий. Кандидат экономических наук.
Генеральный директор Всероссийского выставочного центра (2009-2011).
Губернатор Сахалинской области (21 августа 2003-7 августа 2007). Капитана второго ранга.

Иван Малахов родился 29 июня 1953 года в селе Пологое Займище, Астраханской области. В 1977 году окончил Ленинградское высшее военно-морское инженерное училище. Дальнейшую службу проходил на пограничном сторожевом корабле в городе Невельск Сахалинской области. Прослужив в морских частях пограничных войск 10 лет, ушел в запас в звании капитана второго ранга.

По приглашению председателя исполнительного комитета Невельского района Игоря Фархутдинова в 1989 году пришел на работу в городскую администрацию, где работал главным инженером «Горжилкомхоза». В 1990 году стал первым заместителем главы города, а через год - мэром Невельска.

В 1996 году закончил Российскую академию государственной службы при Президенте РФ, защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата экономических наук по теме «Рациональное использование ресурсов региона».

С 1996 года работал в должности первого вице-губернатора Сахалинской области. С 1997 года также являлся председателем комитета экономики Сахалинской области.

Согласно законодательству, после гибели Игоря Фархутдинова, его полномочия прекратились на следующий день после смерти. По Уставу Сахалинской области 21 августа 2003 года, временно исполняющим обязанности губернатора региона стал первый вице-губернатор Иван Малахов.

На досрочных выборах губернатора Сахалинской области 7 декабря 2003 года, как оказалось в первом туре, претендовали 13 кандидатов. Однако ни одному из них не удалось набрать более 50% голосов. В связи с чем они были признанными несостоявшимися и назначен второй тур выборов.  

Во втором туре выборов губернатора Сахалинской области 21 декабря 2003 года уверенную победу одержал временно исполняющий обязанности главы региона Иван Малахов. При явке избирателей 43%, за Ивана Малахова проголосовали более 53 процентов избирателей. Второй кандидат на кресло губернатора, мэр Южно-Сахалинска Федор Сидоренко набрал свыше 34% голосов. Против всех проголосовали около 12 процентов жителей Сахалинской области.

Президент РФ Владимир Путин 24 июля 2007 года на совещании с правительством России раскритиковал действия властей и лично губернатора Ивана Малахова, во время ликвидации последствий землетрясения в городе Невельск. Глава МЧС Сергей Шойгу обвинил главу региона в том, что резервы средств, которые должны быть в каждом регионе на случай ЧП, на Сахалине был не в полном объеме. МЧС перебрасывали часть резерва из Красноярска и Хабаровска.

Указом Президента России Владимира Путина 7 августа 2007 года, Иван Малахов досрочно прекратил полномочия губернатора Сахалинской области. Временно исполняющим обязанности губернатора островного региона, Президент России назначил Александра Вадимович Хорошавин. 

Иван Павлович Малахов 19 марта 2009 года, по решению Общего собрания акционеров ОАО «ГАО «Всероссийский выставочный центр» назначен генеральным директором ВВЦ. Неудачи в управлении ВВЦ объяснял отсутствием субсидий от государства, запутанной ситуацией с правом собственности на некоторые строения, а также наличием мошеннических схем управления.

Иван Малахов выдвигал концепцию ВДНХ, как интересного развлекательного объекта для детей и юношества, планировал вернуть платный вход на выставку. По итогу, в 2011 году вместо Малахова на должность гендиректора ВВЦ был назначен гендиректор гостиницы «Украина» Алексей Микушко.

Женат, есть 2-е дочери и внуки.