Почти через год после гибели третьего сына Ивана Грозного, царевича Димитрия, фактический правитель Российского государства боярин Борис Годунов 11 апреля 1592 года велел покарать виновных в расправе над царским наместником в Угличе. Как известно, официальная комиссия во главе с князем Василием Шуйским признала, что имел место несчастный случай. Но народ стихийно обвинил в гибели младенца дьяка Михаила Битяговского и дюжину людей из его окружения. 

Также в результате этого повеления более 60 угличских семейств были высланы в Тобольск. Кроме того, наказание понес даже городской набатный колокол. Именно он оповестил по распоряжению матери царевича Марии Нагой горожан о беде, в него тогда ударил пономарь Федор Огурец. Колоколу вырвали язык, и принародно обрушили на него 15 ударов плети. Почти год осужденные волокли колокол на себе в Сибирь.

В 1605 году Лжедмитрий, провозгласивший себя «чудесно спасшимся» царевичем, пересмотрел угличское дело. Мария Нагая признала его своим сыном, другие участники расследования также поменяли показания.

Воссоединение матери с «сыном» произошло в селе Тайнинском на глазах огромного количества народа: Дмитрий соскочил с коня и бросился к карете, а Марфа, откинув боковой занавес, приняла его в объятья, причем оба рыдали. Чудесное спасение царевича объяснялось вмешательством какого-то доброго доктора.

Глава следственной комиссии, Василий Шуйский, менял показания как минимум трижды. Будучи избран на русский престол в 1606 году, он заявил, что царевич «заклан бысть» от «лукаваго раба Бориса Годунова».

Версия о виновности Годунова, который якобы организовал убийство царевича с целью в итоге заполучить корону, оставалась официальной и при Романовых, которые едва не были истреблены при Годунове и сохраняли заинтересованность в очернении его имени. После канонизации «невинно убиенного» царевича всякие сомнения в факте убийства стали расцениваться церковными властями как хула.