Император Павел I утвердил 31 августа 1798 года доклад «комитета по учреждении училищ для учеников штурманских и Корабельной Архитектуры». В этот же день в Санкт-Петербурге было основано первое в мире военно-морское инженерное учебное заведение - Училище корабельной архитектуры. Подобные учебные заведения были созданы в Англии только в 1811 году, в США - в 1845 году, а в Германии лишь в 1861 году.

Училище корабельной архитектуры в Херсоне просуществовало всего 5 лет. Первым директором Черноморских штурманского и корабельного училища был адмирал граф Войнович. В 1803 году херсонское училище было расформировано, а его воспитанники переведены в училище корабельной архитектуры Санкт-Петербурга, которое размещалось в доме генерал-майора Бухарина, специально купленном Государственной адмиралтейской коллегией для училища.

Первым директором Санкт-Петербуркого училища корабельной архитектуры был назначен известный кораблестроитель обер-сарваер Катасанов, руководивший училищем до 1804 года. Большой вклад в совершенствование учебного и воспитательного процесса училища внес профессор математики Семен Гурьев.

Император Александр I утвердил первый Устав училища 4 марта 1803 года. Курс корабельной архитектуры преподавали известные кораблестроители Илья Разумов и Иван Курепанов, а курс лесоводства русский ученый Зябловский. На протяжении двадцати пяти лет преподавателем российской грамматики, логики и риторики в училище работал русский писатель Петр Соколов.

В Петербургское училище принимались дети дворян, офицеров и солдат в возрасте 12-14 лет, умевшие читать и писать, обладавшие хорошим здоровьем и способностями. Обучение продолжалось 6 лет. Из училища 2 января 1805 года досрочно были выпущены самые способные ученики - Иван Курочкин и Андрей Попов, впоследствии видный ученый и кораблестроитель.

Первый выпуск состоялся в августе 1805 года, было выпущено 7 драфцманов. С 1815 года училище стало готовить тиммерманов высшего разряда с чином XII-XIII класса Табеля о рангах. К 1827 году училище дало флоту около 70 кораблестроителей, среди которых получили широкую мировую известность Аандрей Попов, Иван Осминин - построивший свыше 20 парусных военных кораблей, Иван Амосов - построивший первый в России винтовой фрегат «Архимед».

В связи с Отечественной войной училище переехало в Свеаборг 10 октября 1812 года. Училище корабельной архитектуры 10 января 1817 года было слито с Морским кадетским корпусом и переехало в его здание.