Главное сочинение Коперника, плод более чем 40-летней его работы, «Об обращении небесных сфер», был раскритикован и запрещен судом инквизиции 5 марта 1616 года. Впервые сочинение было издано в германском Нюрнберге в 1543 году. В нем Коперник сформулировал основные принципы гелиоцентрической системы, в отличие от принятой тогда геоцентрической.
Модель мира Коперника была колоссальным шагом вперед и сокрушительным ударом по архаичным авторитетам. Католическая церковь, занятая борьбой с Реформацией, первоначально снисходительно отнеслась к новой астрономии. Но уже тогда отдельные епископы выступили с яростной критикой гелиоцентризма как опасной богопротивной ереси.
Сам Николай Коперник скончался 24 мая 1543 года в возрасте 70 лет от инсульта. Автор смог незадолго до смерти увидеть свой труд напечатанным. Впервые его труд был издан в 1543 году. Нюрнбергский теолог Озиандер, готовя книгу к печати, из осторожности снабдил ее анонимным предисловием, в котором объявил новую модель условным математическим приемом, введенным для сокращения вычислений. Некоторое время его труд свободно распространялся среди ученых.
Экспертам инквизиции 19 февраля 1616 года были представлены два положения, вобравшие в себя суть учения Коперника. Первое заключалось в том, что Солнце является центром мироздания и, следовательно, неподвижно. А второе, что Земля не есть центр мироздания, она не является неподвижной и движется как целостное тело и к тому же совершает суточное обращение.
По итогам заключения экспертов 5 марта 1616 года книга Коперника «Об обращении небесных сфер» была внесена в Индекс запрещенных книг, поскольку противоречила Священному Писанию. Самым известным следствием этого решения в 17 веке стал суд над Галилеем, нарушившим церковный запрет в своей книге «Диалоги о двух главнейших системах мира».
В дальнейшем систему астронома дозволялось использовать лишь как модель для расчета движения планет в качестве не имеющей отношения к природе математической абстракции. Ватикан снял свой запрет, «Индекс запрещенных книг», лишь через два века в 1833 году.