Первый трибунал Святой Инквизиции учрежден 27 декабря 1480 года. Систематическое преследование еретиков инквизицией началось со времени соединения Кастилии и Арагона в одну монархию, при Изабелле Кастильской и Фердинанде Католике, реорганизовавших инквизиционную систему.

Мотивом реорганизации являлся не столько религиозный фанатизм, сколько желание воспользоваться инквизицией для упрочения государственного единства Испании и увеличения государственных доходов, путем конфискации имущества осужденных. Душой новой инквизиции в Испании был духовник Изабеллы, доминиканец Торквемада.

В 1478 году была получена булла от Сикста IV, разрешавшая «католическим королям» установление новой инквизиции, а в 1480 году был учрежден в Севилье первый ее трибунал. Деятельность свою он открыл в начале следующего года, а к концу его уже мог похвалиться преданием казни 298 еретиков.

Результатом этого была всеобщая паника и целый ряд жалоб на действия трибунала, обращенных к папе, главным образом, со стороны епископов. В ответ на эти жалобы Сикст IV в 1483 году предписал инквизиторам придерживаться той же строгости по отношению к еретикам, а рассмотрение апелляций на действия инквизиции поручил архиепископу Иньиго Манрикесу.

Несколько месяцев спустя, он назначил великим генеральным инквизитором Кастилии и Арагона Торквемаду, который и завершил дело преобразования испанской инквизиции. Инквизиционный трибунал сперва состоял из председателя, 2 юристов-ассесоров и 3 королевских советников. Эта организация скоро оказалась недостаточной и взамен ее была создана целая система инквизиционных учреждений: центральный инквизиционный совет и 4 местных трибунала, число которых потом было увеличено до 10.

Имущество, конфискованное у еретиков, составляло фонд, из которого черпались средства для содержания инквизиционных трибуналов и который, вместе с тем, служил источником обогащения папской и королевской казны. В 1484 году Торквемада назначил в Севилье общий съезд всех членов испанских инквизиционных трибуналов, и здесь был выработан кодекс, регулировавший инквизиционный процесс.

С тех пор дело очищения Испании от еретиков и нехристиан стало быстро подвигаться вперед, особенно после 1492 года, когда Торквемаде удалось добиться у католических королей изгнания из Испании евреев.

Результаты истребительной деятельности испанской инквизиции при Торквемаде, в период от 1481 года до 1498 года, выражаются следующими цифрами: около 8 800 человек было сожжено на костре, 90 000 человек подверглось конфискации имущества и церковным наказаниям, кроме того, были сожжены изображения, в виде чучел или портретов, 6 500 человек, спасшихся от казни посредством бегства или смерти.

В Кастилии инквизиция пользовалась популярностью среди фанатичной толпы, с удовольствием сбегавшейся на аутодафе, а Торквемада до самой смерти встречал всеобщий почет. Но в Арагоне действия инквизиции неоднократно вызывала взрывы народного негодования.

Во время одного из них Педро Арбуэс, председатель инквизиционного суда в Сарагосе, не уступавший в жестокости Торквемаде, был убит в церкви, в 1485 году. Преемники Торквемады, Диего-Деса и особенно Хименес де Сиснерос, архиепископ толедский и духовник Изабеллы, закончили дело религиозного объединения Испании.